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亚细胞空间原位分析
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引自10x Genomics的亚细胞空间原位表达分析技术(Xenium),通过已有/定制探针panel与靶点,在新鲜冷冻(FF)组织或福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织切片上快速检测大量靶点的组织原位转录本表达水平,实现亚细胞分辨率对基因进行靶向空间原位分析,揭示细胞结构与功能的关系。

 一、技术流程及原理

首先在Xenium载玻片上制备FF或FFPE组织切片(每块载玻片上的可成像区域为12mm x24mm)。然后对切片进行处理,RNA能更好的与可环化的DNA探针进行杂交。杂交探针连接后产生可酶促扩增的环状DNA探针。之后将载玻片放入Xenium分析仪中,样本在其中经过连续几轮的荧光探针杂交、成像和去除,产生明亮、易于成像且高信噪比的信号。接着生成每个基因特异性的荧光特征条码,实现目标基因的定位和识别。最后构建出整张组织切片上亚细胞水平的空间原位图谱。

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 二、技术特点与优势

1、亚细胞分辨率

原位显微成像的检测方法,保留RNA分子的原位特征,亚细胞分辨率水平还原组织中细胞最真实的大小和边界区分,实现“真”细胞-细胞通讯、受体-配体互作的可视化研究。

2、兼容多样本类型

兼容新鲜冷冻组织(FF)和福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPE)样品,满足临床及科研样本的检测分析需求。

3、高灵敏性和特异性

平均每个基因设计8对探针,根据表达量高低调整探针数量;独特的配对捕获探针设计,增强了检测的灵敏性和特异性。

4、panel组合灵活定制

panel基础上,可灵活定制多至100个靶标基因,更兼容全定制服务,增强了临床和科学研究的创新性,同时可根据普通转录组RNA-seq以及单细胞转录组数据scRNA-seq实验中已获取的数据,定制高达300个靶点的个性化研究策略,助力转化研究和空间水平挖掘。

5、全景“无gap”扫描及玻片再利用

成像区域(12 x 24 mm)内开展超高重靶点的组织全景无gap扫描,Xenium实验后仍可继续利用同一玻片做其他实验,可高效充分地利用珍贵的临床样本。

6、强大的数据综合分析及深度挖掘能力

完全标准化的集成生物信息学分析流程,经验丰富的多组学数据分析团队,能够对生物学数据及临床数据进行综合分析及深度挖掘,使得数据挖掘更加便捷化、个性化。

 三、技术服务内容

目前官方已经推出panel包括:人乳腺 280 个基因、人脑 266 个基因、人肺 289 个基因、人皮肤282个基因、人结肠322个基因、人肿瘤免疫380个基因、人类多种组织癌症组织377个基因、小鼠脑 247 个基因和小鼠组织图谱379个基因,以上panel均可增加 1~100 定制化基因。应用场景仍在不断拓展,未来会有更多组织类型的商品化 Panel,应用于肿瘤、发育等不同领域的探索。

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 四、服务流程

 

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