回顾前文我们讲解了重组蛋白原核表达系统，以及常用到的蛋白表达标签。那么问题来了，蛋白纯化成功后，这些珍贵的蛋白能用来做什么呢？

1.WB

首先这是第一步，也是容易忽略的一步。它可以帮你确定所纯化的是否是目的蛋白，别白忙活。简单来说就是通过凝胶电泳分离蛋白质，再将蛋白电转至膜上，利用抗体与目标蛋白的特异性结合进行显色检测，验证是否是目的蛋白。

步骤：

制样（上样缓冲液煮样）→电泳（SDS PAGE分离蛋白）→转膜（PVDF膜/NC膜）→封闭（5% BSA或脱脂牛奶室温封闭1小时或4℃过夜）→孵一抗（4℃过夜孵育更省抗体）→孵二抗→显影（避光）

2. CO-IP

想要确定两个蛋白在体内是否发生互作，CO-IP是你的理想选择。说白了，就是利用抗原抗体的特异性结合，固定于磁珠上的抗体能够拉出目标抗原以及互作蛋白。

步骤：

预清（裂解液+磁珠除去非特异性结合）→孵育IP级一抗（裂解液中加一抗4℃过夜）→抓复合物（磁珠与一抗Fc区域结合）→洗脱（抗体A+蛋白X+蛋白Y）→WB验证（CO-IP的产物必须通过WB才能证明互作蛋白的存在）

3. 染色质免疫共沉淀（ChIP）

ChIP和CO-IP原理类似，区别是研究对象是DNA和蛋白。是通过甲醛交联固定细胞内与DNA结合的蛋白，超声打断DNA后，用抗体富集目标蛋白及其结合的DNA片段。

步骤

交联（甲醛固定）→超声破碎（将DNA打碎200-1000 bp片段）→免疫沉淀（加入抗体和磁珠）→解交联（65℃加热，释放DNA）→DNA纯化→PCR分析

4. Pull down

如果同时拥有蛋白A和蛋白B，想知道它们能不能直接互作，而不需要第三者，就选PuII down。一句话来说，就是将携带标签的蛋白A（如GST，His）固定于亲和磁珠上，随后与蛋白B或者细胞裂解液孵育，直接得知是否互作。

步骤（以GST为例）：

纯化蛋白（GST标签和含GST蛋白）→与谷胱甘肽磁珠孵育→与细胞裂解液（含猎物蛋白）孵育→洗脱→WB验证

可靠的实验结果从来不是靠一种技术得到的，这张表可以帮助你快速做出决策，在实际应用中通常是选择几种进行验证，比如CO-IP实验确定的互作蛋白，还需要WB来验证。

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