但现在我支棱起来了！

限制性酶切位点（Multiple restriction sites）：

复制起点（Origin of replication or “ori”）（以大肠杆菌E. coli为例）：如图1黄色箭头所示。质粒将从复制起点开始复制，将允许质粒按大肠杆菌的 DNA 复制机制复制，而与细菌基因组无关。由于在原核生物的DNA分子中只存在一个复制起点，而真核生物的DNA分子有多个复制起点，因此，如果质粒图谱上只有一个ori，说明该质粒是原核克隆及表达质粒，如果图谱上存在不止一个ori，说明该质粒是穿梭质粒，既可以在原核生物也可以在真核生物中复制。

抗生素抗性基因（Antibiotic resistance genes）：如图1所示的pBR322 具有氨苄青霉素和四环素耐药基因（绿色箭头）以及相关的启动子（白色箭头）。这些抗性基因起到选择性作用，是一种筛选标记。当暴露于相关抗生素时，由任一抗性基因编码的蛋白质的表达会保护细菌，而不包含该质粒的细菌会死亡。

1. 首先看箭头指向：图谱中存在箭头，其指向就是转录方向或复制方向。设计引物及插入目的基因需根据转录方向（启动子方向）决定，千万不要插反，导致RNA聚合酶拔剑四顾心茫然。另外注意质粒是双链，如果发现箭头有的顺时针有的逆时针，说明它们不在同一条链上。

2. 然后找到 ori 确定质粒类型：这个图谱中一共有三个黄色箭头表示ori，说明这是穿梭质粒，放到真核生物里也能用。

3. 多克隆位点：很明显，就是蓝色的这个部分。不带的酶切位点都是唯一的。外源基因插在这里。

4. 寻找启动子：这个图谱里有三个白色箭头标识的启动子：CMVpromoter（人类巨细胞病毒，它还有一个配套的增强子）、AmpRpromoter（启动Amp抗性基因的表达）、SV40promoter（猿猴空泡病毒SV40）。

5. 寻找筛选标记（抗性基因）：绿色箭头标记的NeoR/KanR（新霉素和卡那霉素抗性基因），可用于后续筛选含质粒的细胞，原核真核都可以用。

6. 终止信号：图中有两个灰色的部分，表示终止信号PolyA。

7. 荧光标记：这个质粒带有荧光标记，也就是红色箭头标识的mCherry，红色荧光蛋白。

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