01EMSA凝胶迁移实验问题汇总

1.在探针的选择上，要考虑哪些重要因素？

答：探针的长度应小于60bp，以有利于非结合探针和蛋白-探针复合物的电泳分离。如结合位点已初步被鉴定，则应用短的核酸探针（约为20bp），这样可避免其他位点的干扰。

2．EMSA凝胶迁移实验同DNA Pull-down、ChIP的区别？

答：EMSA是用特定序列的标记探针，同待验证蛋白孵育后进行PAGE凝胶电泳，如果存在同探针结合的蛋白，则会出现电泳迁移率明显低于自由探针的条带出现。DNA Pull-down是将探针结合在凝胶/磁珠上，以此收集同该DNA探针发生互作的蛋白。ChIP实验中所检测的DNA-蛋白互作则发生在活组织细胞内。

3. 为什么EMSA凝胶迁移实验看不到迁移带？

4. 为什么EMSA凝胶迁移实验背景高？

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